重磅！不花钱的分子对接平台上线了

谷粉学术 2024年09月02日 08:19

今天的题目略显浮夸，“重磅”这样浮躁的字眼竟然也被我们用上了。

但分子对接平台值得这两个字，因为这个分析找公司至少千把块，用这个工具，一分钱不要！

为啥这么贵？

因为好看，放文章里显著增加逼格，进而增加期刊接受率（我猜的，但谁不喜欢图片好看的文章呢）。

还因为会做的人少，计算生物学专业的同学会，一般人都不会。

但其实，凡是你的文章或课题结果里涉及到小分子和靶蛋白结合，多肽和蛋白结合，蛋白和蛋白结合的结果，都可以增加分子对接的数据，相当于增加了原子水平的的结合证据，如此显然就可以让结论更加Solid啦。

随便搜一篇，比如在这篇Nature Communications上的文献里，作者在实验的基础上，进行了分子对接，以说明 QPD-OTf 和驱动蛋白-1的结合。

再比如我们平常生信分析里经常会分析到蛋白相互作用，针对某个靶蛋白筛选出一些小分子呀，都可以加上了。实验的时候发现上下游蛋白直接作用.....

分子对接(Molecular docking)就是从原子水平，通过计算机模拟技术，研究分子之间的相互作用过程。

这个工具支持零基础，零代码，基于靶蛋白的小分子、多肽、蛋白对接分析，高清结果图可在论文中直接使用。

比如可以做文献中类似这样的图：

比如

再比如

使用方法小白化。

第一步登录工具，页面简洁无比，顶部支持小分子，多肽，蛋白质和蛋白质的对接分析，分子哪个选哪个。

左边可见只需三步完成：第一步是从PDB数据库选择蛋白的三维结构（PDB是目前收录蛋白三位结果的数据库，基本上你想研究的蛋白都能找到。），可以直接搜关键词或者输入PDB编号。

第二步：系统自动会选择使用原对接口袋（位置）还是全蛋白对接范围。

第三步：选择小分子，是从PubChem数据库（也是一个收录小分子化合物的权威数据库，基本都能找到），也可以直接搜关键词或者输入CID编号。

第四步：点击开始对接！

出图!

左边按结合能排序，越低越好（好理解，需要结合的能量越低，就越说明能结合）

可以导出对接结果的原始文件，投稿不用怕了。

直接点击下载按钮，设置超高清分辨率，获得高清图片。

文章写作呢？

不怕，方法学，结果，图例写作示例也都有了啦，中英文对照哦，（当然，也可以用AI写作助手根据关键词搜索，匹配海量文献语料）。

以下是某个专做分子对接收费的老铁的试用反馈。看到这，我们就放心了，2个月爆肝没白干

对不起老铁，这是科研者之家的使命：“降低科研门槛，提高科研效率，创新科研教育模式”。

希望这个工具对大家有用。

本月推文额度有限，顺便把另一个小工具讲一下哈。

就是最近给临床的同学整了一个可以分享临床指南（Guideline）的小工具，大家自行分享就行，目前有超过500+个指南，大家自由分享，阅读学习。